Рассмотрев вопрос, мы пришли к следующему выводу:
Учреждение не вправе распоряжаться земельным участком, предоставленным ему на праве постоянного (бессрочного) пользования (в том числе сдавать в аренду или безвозмездное срочное пользование). Арендатор сооружения, расположенного на таком участке, в силу прямого указания закона, вправе пользоваться частью земельного участка, который занят сооружением и необходим для его использования в соответствии с его назначением, документально не закрепляя такое право.

Обоснование вывода:
В соответствии с п. 1 ст. 264 ГК РФ земельные участки могут предоставляться их собственниками другим лицам на условиях и в порядке, которые предусмотрены гражданским и земельным законодательством.

Согласно п. 1 ст. 28 ЗК РФ земельные участки из земель, находящихся в государственной или муниципальной собственности, предоставляются гражданам и юридическим лицам в собственность или в аренду, а также предоставляются юридическим лицам в постоянное (бессрочное) пользование в случаях, предусмотренных п. 1 ст. 20 ЗК РФ, и гражданам и юридическим лицам в безвозмездное срочное пользование в случаях, предусмотренных п. 1 ст. 24 ЗК РФ.

Лицо, которому земельный участок предоставлен в постоянное (бессрочное) пользование, осуществляет владение и пользование этим участком в пределах, установленных законом, иными правовыми актами и актом о предоставлении участка в пользование (п. 1 ст. 269 ГК РФ).

Земельным кодексом установлен запрет на распоряжение земельными участками, предоставленными юридическим лицам на праве постоянного (бессрочного) пользования (п. 4 ст. 20 ЗК РФ). Поэтому учреждение не вправе предоставлять переданный ему земельный участок ни в аренду, ни в безвозмездное срочное пользование (п. 24 постановления Пленума ВАС РФ от 24.03.2005 N 11 «О некоторых вопросах, связанных с применением земельного законодательства» (далее — Постановление N 11), постановление Президиума ВАС РФ от 25.03.2008 N 16810/07).

Вместе с тем следует учитывать, что в силу п. 1 ст. 652 ГК РФ по договору аренды здания или сооружения арендатору одновременно с передачей прав владения и пользования такой недвижимостью передаются права на земельный участок, который занят такой недвижимостью и необходим для ее использования. При этом, если договором аренды не определено передаваемое арендатору право на соответствующий земельный участок, к нему в силу п. 2 ст. 652 ГК РФ переходит на срок аренды недвижимости право пользования названным земельным участком.

Пленум ВАС РФ в п. 22 Постановления N 11 указал, что, если в договоре аренды недвижимости не определено передаваемое арендатору право на соответствующий земельный участок, арендатор не вправе требовать в судебном порядке заключения с ним договора аренды земельного участка. Он может пользоваться земельным участком, занятым арендуемым имуществом, без соответствующего договора в силу закона в течение срока аренды (смотрите также постановление ФАС Северо-Кавказского округа от 09.06.2010 N А32-11277/2009).
Таким образом, арендатор недвижимости, в силу закона, всегда является пользователем земельного участка, необходимого для использования арендуемой недвижимости, в связи с чем отдельно заключать договор аренды земельного участка не требуется. Соответственно, несмотря на запрет распоряжения земельным участком, предоставленным учреждению на праве постоянного (бессрочного) пользования, арендатор сооружения, расположенного на таком участке, вправе пользоваться им без какого-либо документального закрепления за ним такого права, если используется только та часть земельного участка, которая занята сооружением и необходима для использования данного сооружения. Данный вывод подтвержден судебной практикой (смотрите, например, постановления ФАС Московского округа от 01.02.2008 N КА-А40/14791-07-П, ФАС Северо-Западного округа от 10.07.2001 N А56-13586/99, Восьмого арбитражного апелляционного суда от 01.09.2009 N 08АП-3416/2008).

Ответ подготовил:
Эксперт службы Правового консалтинга ГАРАНТ
Верхова Надежда

Контроль качества ответа:
Рецензент службы Правового консалтинга ГАРАНТ
Барсегян Артем